Nach den Sommerferien beginnt ein neues – für einen Teil der Glee-Kids letztes –, aufregendes Schuljahr an der McKinley High. Will (Matthew Morrison) und Emma (Jayma Mays) leben nun zusammen und stellen sich den Hürden des Alltags. Dem Glee-Club fehlen – nach dem Ausscheiden von Quinn (Dianna Agron), Sam (Chord Overstreet) und Lauren – Mitglieder, um an Wettbewerben teilzunehmen. Um diese zu finden, sollen die Glee-Kids überall in der Schule, wo Will lilafarbene Klaviere aufgestellt hat, performen (›We Got the Beat‹, ›It’s Not Unusual‹). Sugar Motta (Vanessa Lengies), die Tochter des Spenders der Klaviere, bewirbt sich für den Club (›Big Spender‹). Doch leider ist sie – entgegen ihrer eigenen Überzeugung – absolut talentfrei. Dennoch bekommt sie ihre Chance.
Während Sue Sylvester (Jane Lynch) mit einem neuen Plan hofft, die Auflösung aller Schulchöre durchsetzen zu können, bereiten sich Rachel (Lea Michele) und Kurt (Chris Colfer) auf ihre Bewerbung an der renommierten New York Academy of the Dramatic Arts (NYADA) vor: ›Ding-Dong! The Witch Is Dead‹.
Leider stellen sie während eines Workshops fest, dass sie nicht die einzigen talentierten Bewerber sind. Um seine Chancen bei der Bewerbung zu erhöhen, stellt sich Kurt zur Wahl des Jahrgangssprechers. Er bittet Brittany (Heather Morris) um Hilfe. Als diese ihm jedoch als Wahllogo ein Einhornbanner präsentiert, zweifelt er an ihrer Idee.
Mit dem Song ›I’m the Greatest Star‹ will Kurt zudem die männliche Hauptrolle in der Schulversion des Musicals »West Side Story« erlangen, doch sein Freund Blaine (Darren Chriss) erhebt ebenfalls Anspruch auf diese Position (›Something’s Coming‹). Rachels leibliche Mutter Shelby (Idina Menzel) kehrt an die McKinley High zurück, um einen von Sugars Vater gesponserten zweiten Schulchor zu leiten. Puck (Mark Salling) und Quinn nutzen die Chance, um als leibliche Eltern von Shelbys Adoptivtochter Beth Anteil an ihrem Leben zu nehmen.
Das von Will ins Leben gerufene Booty-Camp zur Verbesserung der tänzerischen Fähigkeiten der Glee-Kids bringt nicht den erwünschten Erfolg. Lediglich Mike (Hatty Shum Jr.) sticht hervor (›Cool‹). Doch ausgerechnet er muss auf Geheiß seines Vaters (Keong Sim), der Musik lediglich als Hobby ansieht, aussteigen, um sich wieder mehr auf seine schulischen Leistungen konzentrieren zu können. Brittany entschließt sich derweil dazu – mit Unterstützung von Santana (Naya Rivera) –, selbst als Jahrgangssprecherin zu kandidieren: ›Run the World (Girls)‹.
Zur gleichen Zeit liefern sich Mercedes (Amber Riley) und Rachel einen musikalischen Streit um die Hauptrolle der Maria in »West Side Story« (›Out Here on My Own‹). Als beiden die Rolle als Doppelbesetzung angeboten wird, verlässt Mercedes den Glee-Club, da ihr Talent ihres Erachtens nicht ausreichend gewürdigt wird. Da die finanziellen Mittel für die Aufführung durch Sues Intrigen gestrichen werden und Kurt darüber frustriert ist, versucht dessen Vater Burt (Mike O’Malley), ihm zu helfen. Er setzt sich für seinen Sohn und dessen Schule ein und hält vor Lehrern und Eltern ein Plädoyer. Da seine Rede einen bleibenden Eindruck hinterlässt und ihm viele Menschen Zuspruch geben, kandidiert er als Kongressabgeordneter und tritt damit direkt gegen Sue an, welche sich ebenfalls als Kandidatin hat aufstellen lassen.
Brittany erfreut sich inzwischen an ihrer Freundschaft mit dem irischen Austauschschüler Rory Flanagan (Damian McGinty), der bei ihr wohnt. Auch für den Glee-Club erweist sich Rory mit seiner einzigartigen Stimme als Hoffnungsträger: ›Bein‘ Green‹. Mercedes gesellt sich mit ihrem angeknackten Ego zu Shelbys Gesangschor, in dem ihr endlich die Aufmerksamkeit zuteil wird, die sie sich immer erhofft hat. Gemeinsam mit Sugar, Santana und Brittany singt sie fortan als Teil von »The Troubletones« (›Candyman‹), die sich als ernsthafte Konkurrenz für die »New Directions« herausstellen.
Quinn konzentriert sich während dessen darauf, das Sorgerecht für Beth zu erlangen, und versucht hierfür, Puck auf ihre Seite zu ziehen. Als sich Puck jedoch in Shelby verliebt (›Waiting for a Girl Like You‹), steht er dieser bei und bringt Quinn damit gegen sich auf, die durch die Enttäuschung auf die falsche Bahn zu geraten droht.
Artie (Kevin McHale) übernimmt die Regie für die Schulaufführung. Doch er kann Blaine und Rachel nicht verdeutlichen, wie sie als Liebespaar agieren sollen, wenn ihnen doch selbst die erste sexuelle Erfahrung fehlt. Beide planen, um die notwendige Erfahrungen für ihre Rolle zu sammeln, das erste Mal mit ihren Partnern: ›Tonight‹. Der Besuch von Blaine und Kurt in einer Schwulenbar endet jedoch mit einem Streit, als sie auf Sebastian (Grant Gustin), den Neuzugang im »Warbler«-Chor treffen, welcher ein Auge auf Blaine geworfen zu haben scheint. Und auch Rachels Pläne für die Nacht enden in einer Enttäuschung. Trotz Beziehungskrise können Blaine und Rachel auf der Bühne als Liebespaar Maria und Tony überzeugen (›One Hand, One Heart‹), während Santana als Latina punkten kann (›America‹).
Nachdem Puck (›Hot for Teacher‹) das Herz seiner Lehrerin Shelby erobern konnte, bemüht sich das ungleiche Paar darum, dass ihre Beziehung geheim bleibt. Als der Konkurrenzkampf der »Troubletones« und der »New Directions« überhand zu nehmen scheint, schlagen Shelby und Will (›You and I‹) den Schülern einen Mash Off-Wettbewerb vor. Doch ein weiterer Streit sorgt für schlechte Stimmung: Santana und Finn geraten aneinander, nachdem sie immer wieder über ihn hergezogen ist. Erst als er droht, sie öffentlich als Lesbe zu outen, erkennt sie, dass es so nicht weitergeht. Der Wettbewerb der zwei Schulchöre vereint die Fronten: ›Hit Me with Your Best Shot/One Way or Another‹, ›I Can’t Go for That (No Can Do)/You Make My Dreams‹, ›Rumour Has It/ Someone Like You‹. Kaum wieder vereint, wird Santana ungewollt durch einen Videoclip geoutet. Finn fühlt sich schuldig, auch wenn er nicht der Schuldige ist, und schlägt im Chorraum eine Songauswahl nur für Santana vor, um ihr zu zeigen, dass der Glee-Club hinter ihr steht: ›Perfect‹, ›I’m the Only One‹, ›Girls Just Want to Have Fun‹. Zunächst sträubt sich Santana gegen die Unterstützung ihrer Freunde, doch dann lernt sie, zu ihrer Homosexualität zu stehen: ›I Kissed a Girl‹.
Da dem Glee-Club noch immer Mitglieder fehlen, fahren Finn und Rachel nach Kentucky, wo Sam (Chord Overstreet) seit geraumer Zeit mit seiner Familie lebt. Sie können seine Eltern davon überzeugen, dass sie Sam als Unterstützung für die Sectionals brauchen. Mit seiner Hilfe (›Red Solo Cup‹) keimt wieder Hoffnung auf. Kurt setzt sich notgedrungen mit Sebastian auseinander, der ihm gesteht, dass er ihm seinen Freund ausspannen will. Quinn hat inzwischen herausgefunden, dass Shelby und Puck eine Affäre haben, und will sie bei der Schulleitung melden. Doch nach den Auftritten der »Troubletones« (›Survivor/I Will Survive‹) und der »New Directions« (›Control/Man in the Mirror‹) bei den Sectionals und der Verkündung des Gewinners sind sich beide Teams sicher, dass sie nur gemeinsam bei den Nationals siegen können: ›We Are Young‹.
Schüler und Lehrer fiebern dem Weihnachtsfest entgegen. Nur Rory, der über die Feiertage nicht zu seiner Familie nach Irland reisen kann, ist bedrückt (›Blue Christmas‹). Sam bietet ihm daraufhin an, das Fest mit ihm und seiner Familie zu verbringen. Um die Klassenkasse aufzubessern, nimmt der Glee-Club die Anfrage des örtlichen TV-Senders an und inszeniert, unter der Regie von Arti, eine Weihnachtsshow: ›Extraordinary Merry Christmas‹, ›Let It Snow‹, ›My Favorite Things‹, ›Santa Claus Is Coming to Town‹, ›Christmas Wrapping‹.
Artie fühlt sich geschmeichelt, dass sich Becky (Lauren Potter) in ihn verliebt hat. Er selbst findet allerdings Gefallen an Sugar Motta. Als Emma nach den Ferien von Footballcoach Shannon Beiste (Dot-Marie Jones) erfährt, dass sie zu Weihnachten einen Heiratsantrag erhalten hat, ist sie völlig begeistert und beginnt, von ihrer Heirat mit Will zu träumen (›Wedding Bell Blues‹). Will wird heimlich Zeuge dieser Unterhaltung und bereitet sich darauf vor, Emma einen Antrag zu machen. Doch das Kennenlernen seiner Schwiegereltern in spe gestaltet sich schwierig.
Sam hofft noch immer, Mercedes‘ Herz erobern zu können, nachdem er an die Schule zurückgekehrt ist. Mercedes hegt ebenfalls Gefühle für ihn, ist aber bereits an einen Footballspieler vergeben: ›Summer Nights‹.
Kurz vor den Regionals plant der Glee-Club ein Mashup mit den Songs von Michael Jackson. Als Blaine dies in einem Gespräch gegenüber Sebastian erwähnt, schlägt dieser seinen »Warblers« das gleiche Thema vor. Die Suche nach der besten Liedauswahl beginnt: ›Bad‹, ›Scream‹, ›Human Nature‹, ›Black or White‹. Nachdem Blaine während der Pause einen Slushie ins Gesicht bekommen hat, muss er ins Krankenhaus, weil seine Augen durch die enthaltene Weizenstärke Schaden genommen haben. Derweil wird Rachels größter Traum wahr, als Finn ihr einen Heiratsantrag macht. Doch nach anfänglicher Euphorie hat sie plötzlich Bedenken: ›I Just Can’t Stop Loving You‹.
Um endlich eine Festanstellung an der Highschool zu bekommen, will Will Schuester seine Spanischkenntnisse an der Abendschule aufbessern. Sein Lehrer David (Ricky Martin) inspiriert ihn dazu, den Glee-Club für Latin-Pop zu begeistern (›La Cucaracha‹). Er beabsichtigt, Will dabei zu unterstützen, und besucht die Kids, was bei den Schülern sehr gut ankommt: ›Sexy and I Know It‹, ›La Isla Bonita‹). Sue jedoch schmiedet einen Plan, um dem Konkurrenten die Festanstellung streitig zu machen. Als Kurt von Finns und Rachels Verlobung erfährt, hält er dies für einen Fehler. Und auch die wieder aufkeimenden Gefühle zwischen Sam und Mercedes sorgen für Probleme: ›Don’t Wanna Lose You‹.
Als der Valentinstag vor der Tür steht, soll der Showchor seine Gefühle musikalisch zum Ausdruck bringen: ›Let Me Love You‹, ›Stereo Hearts‹. Rachel und Finn nutzen die Chance, um ihre Verlobung zu verkünden, aber die Mitschüler sind wenig erfreut und äußern ihre Bedenken. Rachels Väter Hiram (Jeff Goldblum) und LeRoy (Brian Stokes Mitchell) hingegen scheinen außer sich vor Freude: ›Chapel of Love‹. Auch bei Mercedes spielen die Gefühle verrückt, weil sie sich nicht zwischen Sam und ihrem Freund Shane (Lamarcus Tinker) entscheiden kann. Sie distanziert sich daher von beiden, um wieder einen klaren Kopf zu bekommen (›I Will Allways Love You‹). Brittany und Santana würden ihre Gefühle füreinander gern öffentlich zeigen, dürfen dies aber nicht, nachdem sie Direktor Figgins (Igbal Theba) beim Küssen auf dem Schulflur ertappt hat.
Rachel plant mit Hingabe ihre Hochzeit. Die Freude wird jedoch dadurch getrübt, dass Sebastian ihr droht, gefakte Fotos von ihrem Verlobten zu veröffentlichen, sollten die »New Directions« bei den Regionals antreten. Der Twist zwischen den Schulen gerät allerdings komplett in Vergessenheit, als bekannt wird, dass Dave Karofsky (Max Adler) versucht hat, sich das Leben zu nehmen. Nachdem er Kurt seine Gefühle gestanden hat und dies in der Schule bekannt wurde, kam er mit seinem unfreiwilligen Outing nicht klar. Kurt bereut, dass er alle Kontaktversuche von Dave ignoriert und dessen Hilferuf nicht erkannt hat.
Sensibilisiert durch diesen Zwischenfall, treten sowohl die »Warblers« (›Stand‹, ›The Wanted‹) als auch die »New Directions« (›Fly/I Believe I Can Fly‹) im fairen Wettkampf gegeneinander an. Nach ihrem erfolgreichen Sieg wollen sich Finn und Rachel das Ja-Wort geben, doch auf dem Weg zum Standesamt hat Quinn einen Unfall, der sie fast das Leben kostet. Als sie anschließend an den Rollstuhl gebunden ist, vereint sie dies mit Artie (›I’m Still Standing‹). Doch im Gegensatz zu ihm gibt es bei ihr Hoffnung auf eine vollständige Genesung.
Nachdem Coach Sue mit ihrer Schwangerschaft sowohl ihre Kollegen als auch ihre Schüler überrascht hat, wird ihr ein Co-Coach zur Seite gestellt. Um Direktor Figgins davon zu überzeugen, dass sie trotz der anderen Umstände voll einsatzfähig ist, will sie die »New Directions« bei den Vorbereitungen für die Nationals tatkräftig unterstützen. Zusätzliche Unterstützung bekommt der Glee-Club von Blaines Bruder Cooper (Matt Bomer), der den Schülern einen Schauspielkurs geben will. Blaine ist jedoch wenig begeistert davon, dass er nun auch in der Schule zum brüderlichen Konkurrenzkampf herausgefordert wird (›Hungry Like the Wolf/Rio‹, ›Somebody That I Used to Know‹).
Als sich das Schuljahr dem Ende zuneigt, möchte Will von seinen Schülern wissen, was für Zukunftspläne sie haben. Er erkennt schnell, dass die Kids zwar ambitionierte Träume haben, die Realität dabei aber außer Acht lassen. Puck möchte in Los Angeles eine Poolreinigungsfirma gründen und Finn als Partner gewinnen. Dieser jedoch will Rachel nach New York begleiten, die dort auf die NYADA (New York Academy of Dramatic Arts) gehen will. Dass er seine eigenen Wünsche und Träume dabei unberücksichtigt lässt, wird ihm erst nach und nach deutlich (›Stayin‘ Alive‹). Santana möchte mit allen Mitteln berühmt werden (› If I Can’t Have You‹). Dass sie jedoch ausgerechnet wegen eines von Brittany ins Netz gestellten Sexvideos in aller Munde ist, passt ihr dabei gar nicht. Für Rachel gibt es nur die Option, eine erfolgreiche Broadway-Sängerin zu werden (›How Deep Is Your Love‹), als Finn ihr jedoch seine Pläne offenbart, erwägt sie kurzzeitig, ihre Pläne aufzugeben.
Der Tod von Whitney Houston lässt die Kids nicht los. Ihrem großen Idol widmen sie daher ihre Wochenaufgabe: ›How Will I Know‹, ›I Wanna Dance With Somebody‹. Kurt und Blaine nutzen Whitneys Songs, um ihre Beziehungskrise zu überstehen. Blaine ist verletzt davon, dass Kurt mit einer Bekanntschaft aus dem Plattenladen chattet, auch wenn dieser beteuert, dass es nichts zu bedeuten habe. Nach seinem Gefühlsausbruch im Glee-Club (›It’s Not Right But It’s Okay‹) muss sich Kurt entschuldigen (›I Have Nothing‹). Derweil begleitet Joe (Samuel Larsen), der zu den »New Directions« hinzugestoßen ist, Quinn zu ihrer Rhea. Er will sie dabei unterstützen, wieder laufen zu lernen. Dass sich die beiden dabei näherkommen, erkennen die anderen Kids nach beider Performance von ›Saving All My Love for You‹. Da Joe streng gläubig ist und zuvor zuhause unterrichtet wurde, verwirren ihn seine Gefühle zunächst.
Kurt (›The Music of the Night‹) probt eifrig für sein Vorsingen bei der NYADA. Als die kritische Schulleiterin Carmen Tibideaux (Whoppi Goldberg) endlich vor Ort ist, entscheidet er sich spontan für einen anderen Song: ›Not the Boy Next Door‹. Rachel ist siegessicher, patzt jedoch mit ihrer Darbietung von ›Don’t Rain on My Parade‹, was ihre Chancen auf eine Zusage immens schmälert. Die Glee-Jungs unterstützen Puck dabei, für die Erdkundearbeit zu lernen, damit er das Fach bestehen und somit seinen Abschluss erlangen kann. Doch Puck steht sich mit seinem mangelnden Selbstvertrauen im Weg (›School’s Out‹). Footballcoach Shannon Beiste offenbart ihren Schülern, dass sie ein Opfer häuslicher Gewalt wurde. Immer wieder fasst sie den Entschluss, ihren Mann zu verlassen, schafft es aber nicht. Erst die Glee-Kids bewirken, dass sie Mut fasst.
Um ihrer Rolle als Jahrgangssprecherin gerecht zu werden, soll Brittany den Schulball organisieren. Sie entscheidet sich für das Motto Dinosaurier (›Dinosaur‹) und sorgt damit für Verwunderung. Als Sue die Nominierten zur Wahl von Abschlussballkönigin und -könig verkündet, reagiert Becky verletzt, hat sie doch davon geträumt, die Krone zu tragen. Stattdessen wurden Quinn, Santana und Finn ernannt, was wiederum Rachels Eifersucht anstachelt. Schnell organisiert sie einen Anti-Ball, bei dem jedoch keine Partystimmung aufkommen will. Finn, Quinn und Rachel haben die rettende Idee, um alle Wogen wieder zu glätten (›Take My Breath Away‹). Während der Vorbereitungen für die Nationals kommt Sue die Idee, Kurt in Frauenkleidern auftreten zu lassen, aber er weigert sich. Tina (Jenna Ushkowitz) ist sauer, weil Rachel erneut das Solo bekommen hat. Als sie sich jedoch den Kopf anstößt und in ihrer Ohnmacht für kurze Zeit mit Rachel die Rolle tauscht (›Because You Loved Me‹), erkennt sie, dass ihre Chance im Glee-Club noch kommen wird: ›Flashdance …. What a Feeling‹.
Nachdem die »New Directions« in Chicago angekommen sind, wird Mercedes krank. Quinn soll ihren Part übernehmen, fühlt sich dem aber nicht gewachsen. Glücklicherweise schafft es Sue mit ihren geheimen Hausmitteln, Mercedes bis zur Show wieder auf die Beine zu bringen. Rachel hofft, dass Carmen Tibideaux ihrer Einladung folgt und sie bei den Nationals sieht. Und tatsächlich wird die Schulleiterin der NYADA Zeuge einer unglaublichen Performance der »New Directions«: ›The Edge of Glory‹, ›It’s All Coming Back to Me Now‹, ›Paradise by the Dashboard Light‹. Trotz großer Konkurrenz erfüllt sich der große Traum und sie tragen den ersten Preis heim nach Lima, wo sie von ihren Mitschülern gefeiert werden. Kurz darauf steht der Schulabschluss der Zwölftklässler an. Sogar Puck hat seinen Abschluss erreicht. Mercedes und Mike haben große Träume, während Rachel, Finn und Kurt noch auf die Zu- oder Absagen ihrer Wunsch-Colleges warten. Als letzte Wochenaufgabe stehen Abschiedssongs auf dem Plan für die Zwölftklässler, die sich mit emotionalen Interpretationen von ihren Freunden aus den unteren Klassen verabschieden: ›I’ll Remeber‹, ›You Get What You Give‹, ›Glory Days‹. Nach der Zeugnisvergabe wollen sich Rachel und Finn im Standesamt das Ja-Wort geben. Doch Finn trifft für sich und Rachel eine Entscheidung, die er für wichtiger hält: ›Roots Before Branches‹.
Die 3. Staffel beginnt, wo die 2. endete. Die Schüler des Glee-Clubs haben erneut mit einem Jahr voller Herausforderungen, euphorischen Momenten und Rückschlägen zu kämpfen. Jeder Schüler versucht, sich auf den Abschluss und das Leben nach dem Ende der Highschool vorzubereiten, was nicht allen leicht fällt. Große Träume zerplatzen für einige, während andere endlich eine Lebensperspektive für sich selbst erkennen. Coach Sue erfüllt sich den Traum eines eigenen Kindes und wird durch die Schwangerschaftshormone weicher, als sie jemals sein wollte. Zu ihren Kollegen Will und Emma entwickelt sich eine Freundschaft, die sie in dunklen Momenten stützen kann. Und auch die nun erwachsenen Schüler begegnen Will, der schon lange nicht mehr nur ihr Lehrer, sondern ihr Freund ist, auf Augenhöhe. Untermalt wird das aufregende letzte Schuljahr von Finn, Rachel, Quinn, Santana, Brittany, Kurt, Mercedes, Mike und Puck von rockigen Sounds von »Coldplay«, Katy Perry, Lady Gaga oder Christina Aguilera, von schmissigen Up-Tempo-Nummern von Cyndi Lauper, Mariah Carey bis hin zu Balladen von Elvis Presley, Adele, Dolly Parton oder David Guetta reicht die Vielfalt. Eine besondere Hommage widmet der Glee-Club den verstorbenen Künstlern Michael Jackson und Whitney Houston. Entlehnt aus Musicals wie »Hairspray«, »West Side Story«, »Funny Girl« und »Grease«, finden sich stimmungsvolle Songs, die als Wochenaufgabe dienen oder die emotionalen Empfindungen der Schüler unterstreichen.
Ricky Martin, Lindysay Lohan, Gloria Estefan und Whoopi Goldberg unterstützen bei der 3. Staffel den Stammcast mit ihren Gastauftritten.
Neben den ausgelassenen Momenten werden ernste Themen wie Selbstmord, Enthaltsamkeit, Mobbing, Homosexualität, Risikoschwangerschaft, Gewalt und Selbstzweifel angesprochen, die den Hauptcast sowohl direkt als auch indirekt betreffen. Somit finden die Zuschauer auch in der 3. Staffel ein buntes Potpourri von Geschichten, die das Leben schreibt.