Um neue Mitglieder für den »Glee Club« zu gewinnen, werden die neuen Mitschüler Sam (Chord Overstreet) und Sunshine (Jake Zyrus) zum Vorsingen gedrängt (›Every Rose Has Its Thorn‹, ›Listen‹). Nachdem die »Glee«-Kids bereits Madonna und Lady Gaga Tribut gezollt haben, wünschen sie sich, die Songs von Britney Spears zu performen. Will lehnt dies jedoch ab, weil er die Lieder unpassend findet. Zahnarzt Carl (John Stamos), Emmas (Jayma Mays) neuer Freund, bietet allen »Glee«-Mitgliedern eine Routineuntersuchung an.
Während ihrer Narkose leben sie ihre Britney-Spears-Fantasien aus (›I’m a Slave 4‹, ›…Baby One More Time‹). Während Sue (Jane Lynch) die Leidenschaft der Kids unterbinden will, lässt Will (Matthew Morrison) sie walten. Als Finn (Cory Monteith) meint, auf seinem Käsetoast eine Abbildung von Jesus zu erkennen und dass seine Gebete von diesem scheinbar erhört werden, thematisiert er dies im Unterricht (›Losing My Religion‹). Dagegen lehnt Kurt (Chris Colfer), nachdem sein Vater im Anschluss an eine Herzattacke ins Koma fällt und zu sterben droht, jeglichen Glauben ab: ›I Want to Hold Your Hand‹. Trotz unterschiedlicher Ansichten können sich die Kids auf einen Song einigen: ›One of Us‹.
Als Sam mit Quinn (Dianna Agron) ein Duett einstudiert, kommen sie sich näher: ›Lucky‹. Mike (Harry Shum Jr.) und Tina (Jenna Ushkowitz) improvisieren bei der Wochenaufgabe ›Sing!‹, während Rachel (Lea Michele) und Finn sich zurückzunehmen versuchen (›Don’t Breaking My Heart‹, ›With You I’m Born Again‹) und dafür Hohn ernten. Durch Emma inspiriert, möchte Will »The Rocky Horror Show« aufführen. Mit Sue als unerwarteter Unterstützung und Carl als Ersatz für Mike (›Hot Patootie – Bless My Soul‹) können die Proben beginnen. Mercedes (Amber Riley) übernimmt die Rolle des Frank’n’furter (›Sweet Transvestite‹), während Finn und Rachel das naive Paar spielen (›Dammit Janet‹), bevor die »New Directions« gemeinsam den ›Time Warp‹ erleben.
Sam und Finn versuchen, Quinn und Rachel zum nächsten Schritt in deren Beziehung zu überreden. Um den sexuellen Druck abzubauen, beginnen die »Glee«-Jungs damit, sich Coach Beiste (Dot-Marie Jones) in unsexy Posen vorzustellen. Als sie es herausfindet, müssen sie sich entschuldigen: ›Stop! In the Name of Love/Free Your Mind‹. Kurt, der immer wieder von Mitschüler Karofky (Max Adler) gemobbt wird, schleicht sich auf der Dalton Academy ein, um sich heimlich die Konkurrenz für den kommenden Wettbewerb anzusehen. Er ist nicht nur begeistert von den »Warblers«, sondern auch von Blaine (Darren Criss): ›Teenage Dream‹.
Derweil nimmt Noah (Mark Salling) Artie (Kevin McHale) unter seine Fittiche, um an ihm seine Sozialarbeiten abzuleisten. Die beiden entpuppen sich schnell als gutes Team (›One Love/People Get Ready‹). Will und Schuldirektor Figgins (Iqbal Theba) fallen einer Grippewelle zum Opfer. Sue übernimmt die Position der Schulleiterin und lässt die Schüler ihre Macht spüren. Holly Holiday (Gwyneth Paltrow) übernimmt derweil den »Glee Club«: ›Conjunction Junction‹. Durch sie motiviert, singen die Kids ihre Lieblingslieder (›Forget You‹). Kurts Vater Burt (Mike O’Malley) und Finns Mutter Carole (Romy Rosemont) geben ihre Verlobung bekannt.
Kurt übernimmt die Planung der Feier und engagiert den »Glee Club« als Band. Als Karofkys Überfälle auf Kurt immer gewalttätiger werden, stehen die »Glee«-Kids für ihn ein. Während der Hochzeit (›Marry You‹) erkennt Finn Kurt endlich als seinen Bruder an (›Just the Way You Are‹).
Kurz vor den Sectionals zerstreiten sich die Mitglieder des Showchores. Die schlechte Stimmung wirkt sich auf den Gesang aus. Will trifft eine Entscheidung, was die Songs betrifft. Sam und Quinn übernehmen den Duettpart (›(I’ve Had) the Time of My Life‹), in den Santana (Naya Rivera) mit einsteigt. Kurt steht nach einem Schulwechsel erstmals mit den »Warblers« auf der Bühne (›Hey, Soul Sister‹) und muss lernen, dass er sich fortan zurücknehmen muss.
Weihnachten steht vor der Tür und die Kids schmücken gemeinsam ihr Klassenzimmer. Artie findet heraus, dass seine Freundin Brittany (Heather Morris) noch immer an den Weihnachtsmann glaubt. Während die »Glee«-Kids für Bedürftige (›We Need A Little Christmas‹) sammeln, entwendet Cheerleader-Trainerin Sue alle Geschenke, wird jedoch von der weihnachtlichen Besinnlichkeit eingeholt (›Welcome Christmas‹). Für Rachel bedeutet das Fest Herzschmerz, als ihr Finn offenbart, dass er keine Gefühle mehr für sie hegt (›Merry Christmas Darling‹). Mit Hilfe einer Zirkuskanone will Sue ihre Cheerleader erneut zum Weltmeister machen, was Will verhindern will. Kurzerhand lässt sie die Cheerleader-Meisterschaft auf den Tag der Football-Meisterschaft legen. Der »Glee Club« muss als Attraktion in der Halbzeitpause einspringen (›She’s Not There‹).
Kurz vor dem Valentinstag stehen Liebesduette auf dem Lehrplan. Tina und Mike präsentieren ›My Funny Valentine‹, während Rachel mit Katy Perrys ›Firework‹ ihren Gefühlen als Single Ausdruck verleiht. Um Quinn Sam auszuspannen, eröffnet Finn einen Kussstand. Santana durchschaut seinen Plan und sorgt dafür, dass das heimliche Liebespaar auffliegt. Kurt hofft auf die Zuneigung von Blaine, muss aber erkennen, dass dieser bereits einen anderen Schwarm hat (›Silly Love Songs‹).
Will und Emma müssen sich um die melancholische Sue kümmern, die im »Glee Clubs« zur alten Routine zurückfinden soll (›This Little Light of Mine‹). Um Quinn zu halten, gründet Sam mit den anderen »Glee«-Jungs eine Justin-Biber-Band (›Somebody to Love‹). Nachdem der angetrunkene Will Emma seine Liebe gestehen wollte und versehentlich eine Nachricht auf Sues Mailbox hinterlassen hat, verwendet sie dies gegen ihn.
Rachel will ihr braves Image ablegen und endlich cool werden. Als ihre Party öde zu werden droht, schlägt Noah vor, die Hausbar des Vaters zu leeren. Beim Flaschendrehen verliebt Rachel sich in Blaine (›Don’t You Want Me‹), was Kurt eifersüchtig macht. Mit einem Anti-Alkohol-Lied soll der »Glee Club« die Schüler der McKinley High in Zukunft vom Trinken abhalten: ›Tik Tok‹.
Auch der Aufklärungsunterricht kommt im Lehrplan eindeutig zu kurz. Aushilfslehrerin Holly Holliday soll diesen übernehmen (›Do You Wanna Touch Me‹) – gerade rechtzeitig, da Brittany überzeugt ist, von Artie schwanger zu sein. Emma plädiert gemeinsam mit Carl, Rachel, Noah und Quinn für Enthaltsamkeit (›Afternoon Delight‹). Während Kurt das Thema Sex peinlich ist, erkennt Santana, dass sie in ihre beste Freundin verliebt ist (›Landslide‹). Für den nahenden Regionals-Wettbewerb soll der »Glee Club« einen eigenen Song schreiben. Als Rachel erfährt, dass Quinn und Finn bereits seit Wochen heimlich ein Paar sind, kann sie aus ihrer Wut schöpfen: ›Get It Right‹, ›Loser Like Me‹.
Auch die »Warblers« bereiten sich vor. Kurt wirft Blaine vor, alle Solonummern für sich zu beanspruchen. Als ihr Maskottchen stirbt und Kurt ihm den Song ›Blackbird‹ widmet, gewinnt Blaine eine wichtige Erkenntnis. Gemeinsam starten sie mit dem Duett ›Candles‹ in den Wettbewerb.
Da dem »Glee Club« das Geld für die Reisekosten zu den Nationals nach New York fehlt, planen die Kids einen Benefiz-Abend, bei dem sie Songs von vernachlässigten Künstlern singen (›Ain’t No Way‹, ›Turning Tables‹). Die Resonanz des Publikums ist jedoch verhalten. Bei den anschließenden Proben kommt es zu einem kleinen Unfall, bei dem sich Rachel die Nase bricht. Als sie überlegt, sich die Nase beim Richten auch gleich optisch verändern zu lassen, verdonnert Will die ganze Klasse dazu, sich über ihre Makel, mit denen sie geboren sind und die sie auszeichnen, Gedanken zu machen: ›I Feel Pretty/Unpretty‹, ›I’ve Gotta Be Me‹.
Derweil überredet Santana Karofsky dazu, sich bei Kurt zu entschuldigen, um ihn zurück an die Schule zu holen. Durch diesen Schachzug erhofft sich Santana Abschlussballkönigin zu werden. Wilde Gerüchte machen in der Schule die Runde. Quinn trifft sich heimlich mit Sam, worüber Finn sauer ist (›I Don’t Want to Know)‹. Als er und Rachel jedoch herausfinden, dass Sams Familie in finanziellen Schwierigkeiten steckt, unterstützen sie ihn (›Don’t Stop‹).
Der Abschlussball steht kurz bevor und Quinn sieht sich und Finn schon als Abschlussballkönigin und -könig. Währenddessen hoffen Rachel und Mercedes darauf, noch eingeladen zu werden. Als sie Sam gemeinsam überreden, mit ihnen zum Ball zu gehen, taucht unerwartet Jesse (Jonathan Groff) auf (›Rolling in the Deep‹). Nachdem er vom College geflogen ist, bietet er sich Will als Assistent für die Vorbereitung auf die Nationals an. Der »Glee Club« übernimmt den Part der Band für den Abschlussball, bei dem nicht alles wie erhofft läuft: ›Jar of Hearts‹, ›Dancing Queen‹. Als Sue um ihre verstorbene Schwester trauert, bieten Kurt und Finn ihr an, die Totenfeier zu gestalten: ›Pure Imagination‹.
Endlich ist es soweit, der »Glee Club« reist nach New York. Beeindruckt von der Stadt sammeln die Kids Eindrücke, die sie in neuen Songs verarbeiten: ›I Love New York/New York, New York‹. Will steht erstmals auf einer Broadway-Bühne und ist seinem großen Traum zum Greifen nahe (›Still Got Tonight‹). Doch er entscheidet sich gegen New York, um das letzte Jahr mit seinen »Glee«-Kids zu verbringen. Rachel und Kurt erleben ebenfalls einen ganz magischen Moment auf der Showbühne mit »Wicked« (›For Good‹). Auch wenn Finn ihr seine Liebe gesteht, weiß sie nun, dass ihre Karriere ihr wichtiger ist. Trotz eines meisterhaften Auftritts bei den Nationals (›Pretending‹, ›Light Up the World‹) erleben die Kids jedoch eine herbe Enttäuschung.
Wie bereits in der ersten Staffel, werden in den neuen Episoden die unterschiedlichsten Musikstile miteinander vereint. Britney Spears, Justin Bieber und »Fleetwood Mac« werden sogar ganze Episoden gewidmet, in denen die bekanntesten Songs neu interpretiert werden, um dem Gefühlsleben der Teenager Ausdruck zu verleihen. Darunter sind auch Klassiker wie ›My Funny Valentine‹ von Richard Rodgers. Auch »The Rocky Horror Show« steht diesmal auf dem Stundenplan der »Glee«-Kids und wird von ihnen handlungstechnisch grob zusammengefasst.
Und »Wicked« prägt Rachels Erkenntnis, wie gern sie auf die Bühne möchte. In der Weihnachtsepisode werden die bekanntesten Weihnachtssongs präsentiert und auch der »Grinch« darf dabei nicht fehlen. Zudem kommen erstmals Original-Kompositionen zum Tragen, die eigens für die Serie geschrieben wurden: ›Loser Like Me‹, ›As Long as You’re There‹, ›Pretending‹, ›Light Up the World‹.
Zur bekannten Cast stoßen Chord Overstreet als Sam und Ashley Fink als Lauren hinzu. Zudem sind erneut Gwyneth Paltrow als Aushilfslehrerin Holly, Kristin Chenoweth als Wills Jugendfreundin April sowie John Stamos in einer Gastrolle zu erleben. Liebe, Homosexualität, Verlust und Tod sind die Hauptthemen der zweiten Staffel, die sowohl unterhaltsam, als auch emotional betrachtet werden.